福建省热带作物科学研究所始创于1961年，其历史沿革大致可分为：
一．创立至1968年11月
1961年4月，成立福建省热带作物科学研究所，直属福建省农业农村厅，同时建立中共福建省热带作物科学研究所委员会，选址漳州市芗城区西侧天宝五峰山麓延续至今。
所长（暂无配备）
副所长按时序分别为：
董 芳：1961.04－1962.02 姚慈和：1962.02－1968.11 李双群：1964.08－1968.11 陈哲人：1965.08－1968.11
书记按时序分别为：
董 芳：1961.04－1962.02 杨 荣：1962.02－1968.11
二．1968年11月至1970年12月停办
1968年11月，成立福建省热带作物科学研究所革委会，1970年12月停办，改为福建省五峰农场。党委停止活动。
主任（暂无配备）
副主任按时序分别为：
郭振生：1970.01－1970.03（第一副主任） 李双群：1968.11－1970.12
三、1975年12月复办至1978年12月
1975年12月，经福建省革命委员会批准，复办福建省热带作物科学研究所，同时成立所革委会。1972年2月，经批准恢复中共福建省热带作物科学研究所委员会。
主任（暂无配备）
副主任按时序分别为：
袁守明：1975.12－1978.12 姚慈和：1976.01－1978.12 陈哲人：1976.01－1978.12
书记按时序分别为：
方华荣：1976.02－1978.01（1978.01－1978.12无正职）。
四、1978年12月以后
1978年12月，撤销研究所革委会，恢复福建省热带作物科学研究所，所党委延续。
所长按时序分别为：
罗金钵：1983.12－1986.01 何忠春：1988.01－1996.10
高海筹：1996.10－2000.07 张汉荣：2002.07－2015.05
陈振东：2016.02 至今（其中：1978.12－1983.11，1986.01－1987.12，2000.07－2002.07，2015.04－2016.01无正职）
副所长按时序分别为：
吴炳錞：1978.12－1983.12（主持工作） 姚慈和：1978.12－1982.07
陈哲人：1978.12－1980.05 袁守明：1978.12－1980.05 陆虑远：1983.12－1987.12
何忠春：1986.06－1987.12 胡德友：1988.01－1992.04 高海筹：1990.06－1996.10
庄西卿：1996.10－1999.12 林远崇：1996.10－1999.12 林景元：1998.04－2000.10
张汉荣：2000.07－2002.07 (主持工作) 冯雪妹(女)2002.05－2005.01
陈振东：2003.01－2015.04，2015.04－2016.01（主持工作） 郑宴义：2003.06－2013.07
邱小文：2016.01－2016.12 李发林：2016.02 －2020.10 谭善华（2020.07至今）
伊兰香（2024.07至今）
书记按时序分别为：
罗金钵：1983.12－1986.01 戴明建：1986.03-1996.11 高海筹：1996.11－2000.07
张汉荣：2002.07－2015.05 陈振东：2016.06至今
（其中：1978.12－1983.12；2000.7－2002.6；2015.05－2016.05无正职）
副书记按时序分别为：
吴炳錞：1978.12－1983.12 洪肇煌：1979.12－1983.09 戴明建：1983.12－1986.02
阮孔中：1996.11－1998.04 林德福：1998.04－2000.10
张汉荣：2000.07－2002.07（主持工作） 冯雪妹(女)：2002.05-2005.12
郑宴义：2004.01－2013.07 杨尚庞：2008.01－2015.02
陈振东：2014.04－2015.04，2015.05－2016.05（主持工作） 林智明（2020.08至今）